O InnoDB provê um mecanismo de armazenamento seguro com transações com commit, rollback, e recuperação em caso de falhas. Atualmente ele é incluído como padrão em todos os binários distribuídos pela empresa MySQL AB.

Ambiente utilizado:
Xamp 1.6.7 contendo o MySQL 5.0.51b

Problema encontrado:
Se o MySQL não estiver criando tabela InnoDB checar o arquivo my.cnf.

Solução:

Comentar a seguinte linha:
#skip-innodb
Restartar o MySQL