Caso esteja tendo problema para gerar o schema.yml com as constraints do banco de dados, siga o procedimento abaixo:

Ambiente utilizado:
XAMP 1.6.7
Framework Symfony 1.0.0

Procedimentos:
1. Crie as tabelas do MySQL utilizando o tipo de armazenamento: InnoDB;
2. Crie o seu modelo usando o MySQL WorkBench
(http://dev.mysql.com/workbench/);
3. Gere o arquivo de script baseado no modelo;
4. No prompt do MySQL, execute o script gerado;
5. Configure no symfony na pasta config os arquivos: propel.ini e databases.yml com os dados da sua conexão com o banco de dados.
5. Para gerar o arquivo schema.yml do symfony utilize o comando: symfony propel-build-schema
6. Feito isso, gere os modelos do symfony usando o comando: symfony propel-build-model
7. Pronto! Visualize o arquivo schema.yml e veja que as constraints foram adicionadas.

PS: Antigamente eu usava o comando: “symfony propel-build-all” direto e as constraints desapareciam do banco de dados, além de não ir para o arquivo schema.yml