Nesse novo vídeo disponibilizado por Mitchell Hashimoto no site do Zend Framework é demonstrado a criação do arquivo de bootstrap. Esse é o arquivo (index.php) principal e o responsável pela inicialização da aplicação. Nele, estão definidos todos os caminhos onde os arquivos estão armazenados, todos os includes necessários e os componentes a serem utilizados.

Vídeo:
http://framework.zend.com/manual/videos#bootstrappin